经过五年的追捕，福克斯·穆德(大卫·杜楚尼·大卫·杜楚尼)和达娜·史高丽(吉莲·安德森·吉莲·安德森)被迫被转移到处理一些普通案件，并关闭了X档案。一天，美国得克萨斯州达拉斯发生爆炸。虽然穆德和史高丽尽力疏散办公楼里的人，但是爆炸仍然夺去了四个无辜的人的生命，他们受到了上级的批评。然而，不久之后，穆德得知四名受害者早在爆炸前就已经死亡，所谓的爆炸只是一个神秘部门为掩盖证据而实施的骗局。据说这个部门已经从事外星人的研究很多年了，他们的研究足以导致人类的毁灭。两个合作伙伴决定彻底调查此事，但神秘和不可抗拒的力量总是阻碍他们对真相的追求……这部电影是同名美国戏剧的第一个戏剧版本。